Als ab 1948 in Ostdeutschland das System der Betriebssportgemeinschaften aufgebaut wurde, wurde 1950 durch den VEB Jenapharm die BSG Chemie Jena gegründet. Das Pharmawerk trat künftig auch als Trägerbetrieb mit finanzieller und struktureller Unterstützung auf.

Die Fußballmannschaft nahm bereits im Sommer 1950 an den Spielen um den DDR-Fußballpokal teil und unterlag erst in der 2. Runde dem Oberligisten ZSG Industrie Leipzig.

Im Ligabereich übernahm Chemie Jena den Landesklassenplatz der BSG Otto Schott. Zwischen 1950 und 1967 spielte Chemie nach mehreren Ligareformen in der 2., 3. und 4. DDR-Liga. Von 1967 bis 1975 war Chemie Jena durchgehend in der Bezirksliga (3. DDR-Liga) vertreten. Danach blieb die BSG Chemie, 1982 in BSG Jenapharm umbenannt, bis 1989 in der Bezirksliga Gera, stieg dann in die Bezirksklasse ab.

Als SV Jenapharm nahm die 1. Mannschaft 1990 den Fußballbetrieb in der Bezirksklasse Ostthüringen Staffel II auf, in welcher sofort der Aufstieg in die Bezirksliga Ostthüringen erreicht wurde. 1995 gelang als Siebenter der Sprung in die neugebildete Landesklasse Thüringen. Nach erneut mehreren Ligareformen und dem Abstieg bis in die Kreisliga, gelang 2011 der Doppelaufstieg beider Männermannschaften. Heute spielt der SV Jenapharm mit einer Mannschaft in der Kreisliga, in welcher sie 2019 den Meistertitel gewann.